Después de un año de negociaciones, se aceptó el rescate de Francisco y fue liberado de prisión en 1203. Sin embargo, cuando regresó a Asís, Francisco era un hombre muy diferente. A su regreso, estaba peligrosamente enfermo tanto de la mente como del cuerpo: una víctima de guerra fatigada por la batalla.

Un día, según cuenta la leyenda, mientras montaba a caballo en el campo local, Francisco se encontró con un leproso. Antes de la guerra, Francisco habría huido del leproso, pero en esta ocasión su comportamiento fue muy diferente. Al ver al leproso como un símbolo de conciencia moral, o como Jesús de incógnito, según algunos eruditos religiosos, lo abrazó y lo besó, y luego describió la experiencia como una sensación de dulzura en la boca. Después de este incidente, Francisco sintió una libertad indescriptible. Su estilo de vida anterior había perdido todos sus atractivos.

Posteriormente, Francis, que ahora tiene poco más de 20 años, comenzó a enfocarse en Dios. En lugar de trabajar, pasaba una cantidad cada vez mayor de tiempo en un remoto escondite de montaña, así como en antiguas y tranquilas iglesias alrededor de Asís, orando, buscando respuestas y ayudando a cuidar a los leprosos. Durante este tiempo, mientras rezaba ante un viejo crucifijo bizantino en la iglesia de San Damián, se dice que Francisco escuchó la voz de Cristo, quien le dijo que reconstruyera la Iglesia cristiana y que viviera una vida de extrema pobreza. Francisco obedeció y se dedicó al cristianismo. Comenzó a predicar en Asís y pronto se le unieron 12 fieles seguidores.

Algunos consideraban a Francisco un loco o un tonto, pero otros lo veían como uno de los mayores ejemplos de cómo vivir el ideal cristiano desde el mismo Jesucristo. Ya sea que fue realmente tocado por Dios, o simplemente un hombre que malinterpretó las alucinaciones provocadas por una enfermedad mental y/o mala salud, Francisco de Asís rápidamente se hizo conocido en todo el mundo cristiano.

Después de su epifanía en la iglesia de San Damián, Francisco vivió otro momento decisivo en su vida. Con el fin de recaudar dinero para reconstruir la iglesia cristiana, vendió un rollo de tela de la tienda de su padre, junto con su caballo. Su padre se enfureció al enterarse de las acciones de su hijo y posteriormente arrastró a Francis ante el obispo local. El obispo le dijo a Francisco que le devolviera el dinero a su padre, a lo que su reacción fue extraordinaria: se quitó la ropa y, junto con ella, le devolvió el dinero a su padre, declarando que Dios era ahora el único padre que reconocía. Este evento se acredita como la conversión final de Francis, y no hay indicios de que Francis y su padre hablaran nuevamente a partir de entonces.

El obispo le dio a Francisco una túnica tosca y, vestido con estas nuevas ropas humildes, Francisco salió de Asís. Desafortunadamente para él, las primeras personas que encontró en el camino fueron un grupo de ladrones peligrosos, quienes lo golpearon brutalmente. A pesar de sus heridas, Francisco estaba eufórico. De ahora en adelante viviría según el Evangelio.

El abrazo de Francisco a la pobreza de Cristo era una noción radical en ese momento. La iglesia cristiana era tremendamente rica, al igual que las personas que la encabezaban, lo que preocupó a Francisco y a muchos otros, que sintieron que los ideales apostólicos sostenidos durante mucho tiempo se habían erosionado. Francisco se embarcó en una misión para restaurar los valores originales de Jesucristo en la iglesia ahora decadente. Con su increíble carisma, atrajo a miles de seguidores hacia él. Escucharon los sermones de Francisco y se sumaron a su estilo de vida; sus seguidores se hicieron conocidos como frailes franciscanos

Empujándose continuamente en la búsqueda de la perfección espiritual, Francisco pronto predicaba en hasta cinco aldeas por día, enseñando un nuevo tipo de religión cristiana emocional y personal que la gente común podía entender. Incluso llegó a predicar a los animales, lo que generó críticas de algunos y le valió el apodo de "tonto de Dios". Pero el mensaje de Francisco se difundió por todas partes, y miles de personas quedaron cautivadas por lo que escucharon.

Según los informes, en 1224, Francisco recibió una visión que lo dejó con los estigmas de Cristo, marcas que se asemejan a las heridas que sufrió Jesucristo cuando fue crucificado, a través de sus manos y la herida abierta de la lanza en su costado. Esto convirtió a Francisco en la primera persona en recibir las santas heridas de los estigmas. Permanecerían visibles por el resto de su vida. Debido a su trabajo anterior en el tratamiento de leprosos, algunos creen que las heridas eran en realidad síntomas de lepra.

A medida que Francisco se acercaba a su muerte, muchos predijeron que era un santo en ciernes. Cuando su salud comenzó a decaer más rápidamente, Francis se fue a casa. Se enviaron caballeros desde Asís para custodiarlo y asegurarse de que nadie de los pueblos vecinos se lo llevara (el cuerpo de un santo era visto, en ese momento, como una reliquia extremadamente valiosa que traería, entre muchas cosas, gloria a el pueblo donde descansó).

Francisco de Asís murió el 3 de octubre de 1226, a la edad de 44 años, en Asís, Italia. Hoy, Francis tiene una resonancia duradera con millones de seguidores en todo el mundo. Fue canonizado como santo solo dos años después de su muerte, el 16 de julio de 1228, por su antiguo protector, el Papa Gregorio IX. Hoy, San Francisco de Asís es el santo patrón de los ecologistas, un título que honra su amor ilimitado por los animales y la naturaleza. En 2013, el cardenal Jorge Mario Bergoglio eligió honrar a San Francisco tomando su nombre, convirtiéndose en el Papa Francisco.